Sejarah Desa Kadungan Jaya
tidak terlepas dari Sejarah Masyarakat Adat Kutai yang
Mendiami Wilayah Pesisir yang berada di Kabupaten Kutai Timur. Awalnya 
Desa Kadungan Jaya merupakan salah satu dari delapan Desa eks pemukiman
transmigrasi yang berada diwilayah Kecamatan Kaubun . Sejak Kabupaten Kutai sejak tahun 1989. Ditahun 1995 Kadungan Jaya
ditetapkan sebagai nama Desa hingga kini pada kepemimpinan Dina
Gusrianti,S.Tr.Keb, dan sesuai hasil pemillihan Kepala Desa maka ditunjuklah Dina
Gusrianti,S.Tr.Keb selaku Petinggi Desa/Kepala Desa untuk menjalankan roda
pemerintahan Desa Kadungan Jaya kala itu. 
Berdasarkan UU No.47 Tahun 1999 tentang pemekaran wilayah provinsi dan
kabupaten Kutai Timur menjadi salah satu kabupaten pemekaran dari kabupaten
Kutai. Setelah ada pemekaran menjadi kabupaten sendiri, Sangatta yang semula
merupakan kota kecamatan, dipilih menjadi ibu kota kabupaten Kutai Timur.
Selain letaknya strategis, salah satu pertimbangan mengapa Sangatta dipilih
menjadi ibukota kabupaten, dikarenakan kota Sangatta merupakan daerah Industri
yang di dalamnya terdapat kegiatan penambangan batu bara
dan pertambangan bahan bahan mineral  yang cukup besar .

Pada
tahun 1992 s/d 1996 Kadungan Jaya menjadi Desa Persiapan yang masih berada
dalam wilayah dengan Desa Sempayau sebagai Desa Induk Kecamatan Sangkulirang
kabupaten Kutai kala itu dan pada tahun 1997 s/d 2001 menjadi Desa Definitif
pada tanggal 08 Agustus 1997 yang diresmikan oleh Bupati Kutai . Kemudian pada
tahun 2001 s/d 2005 kecamatan Sangkulirang dimekarkan menjadi kecamatan
Kaliorang dan pusat pemerintahanya di kaliorang Kabupaten Kutai Timur. Dari
tahun 2005 kecamatan kaliorang mengalami pemekaran kembali dan disepakati oleh
beberapa Desa saat itu yang di motori oleh Kepala Desa Pengadan baru (Bp.
Sutrisno dkk) dan Desa-desa lainnya untuk sepakat menempatkan Ibu kota
Kecamatan di Desa Kadungan Jaya yang posisinya di tengah dan memberi Label nama
Kecamatan dengan nama Kaubun, nama tersebut diambil dari sebuah nama Kampung
bahari di areal desa Cipta Graha. Kaubun menjadi kecamatan sendiri yakni
kecamatan kaubun dengan jumlah 8 desa : Desa Kadungan Jaya, Bumi Rapak, Bumi
Jaya, Cipta Graha, Pengadan Baru, Bumi Etam, Mata Air, Bukit Permata dan Desa Bumi
Etam menjadi Ibu kota Kecamatan Kaubun.